Quando ele era um menino, ele desapareceu de sua casa. Nada se sabe sobre como isso aconteceu. Sua mãe morreu logo após seu desaparecimento e seu pai se juntou aos franciscanos. Ele se viu em Toledo, na Espanha, e foi acolhido por Francisco Mayoral, que o colocou para trabalhar como pastor. Ao chegar aos 20 anos, descobriu que Mayoral queria que ele se casasse com sua filha, então se juntou ao exército espanhol.
A certa altura encontrou-se perto de Portugal onde localizou um tio que lhe falou dos seus pais. Percebendo que não tinha laços com Portugal, voltou para a Espanha.
Ele vagou em vários países e diz-se que teve uma visão do Menino Jesus que o dirigiuo Granada. Lá ele encontrou trabalho em uma nova impressora.
Ele experimentou uma conversão religiosa na festa de São Sebastião. Ele começou a se humilhar publicamente batendo e implorando por misericórdia para sua vida passada. Ele foi enviado para uma instituição mental e foi visitado por João de Ávila, que lhe disse que deveria cuidar dos outros.
Ele reuniued um séquito que cuidou dos pobres e doentes que hoje são reconhecidos como Os Irmãos Hospitalários de S. João de Deus.
Ele morreu de pneumonia em seu aniversário depois de pular em um rio para salvar um jovem. A sua festa é celebrada a 8 de março e é reconhecido como uma das principais figuras religiosas da Península Ibérica. Ele é o santo padroeiro dos livreiros, hospitais, enfermeiros, doentes mentais e moribundos.
